можно через winhex поубивать файлы, т.к. файловая система у флешек фат , найди в fat таблице найти название этих файлов и заменить на 20 хексовое и файл будет удален, даже тот который занят системой, потом вытащить и вставить флешку и она без вируса  наверное форматнуть после будет в самый раз

Можно просто ее гарантированно форматнуть с помощью Hard Disk Low Level Format Tool взять ее можно отсюда