Не знаю деталей работы менеджера пакетов в дебиане и производных, но в принципе одной из задач любого менеджера пакетов является как раз предотвращения замусоривания системы. Т.е. при установке/создании пакета создаётся список всех устанавливаемых файлов (если хочется, можно (по крайней мере в gentoo) посмотреть какой файл принадлежит какому пакету), а при деинсталляции все они удаляются.
Исключением являются обычно

• Конфигурационные файлы в /etc и ~/.* (и /root/.*) (как уже было сказано), т.к. они изменяются юзером
• Ядра в /boot, модули в /lib/modules, т.к. они могут быть прописаны в конфиг загрузчика руками
• Файлы загрузчика в /boot и всякие memtest-ы тоже удалять не стоит
• /var, файлы в нём создаются во время работы софта, там обычно хранятся mysql DB, SVN repositories итд.
• /tmp вообще никого не волнует, файлы в нём вполне могут удалятся при запуске
• В /vat/tmp пишут временные файлы, которые имеет смысл сохранять между запусками
• Логи в /var/log
• Любые файлы, созданные во время работы программы (не забываем, что нужны права рута чтобы писать скажем в /usr)

Все эти файлы (кроме последнего пункта) в принципе не мешают, ну разве что могут быть очень уж устаревшими для новой версии.

Единственное, что может остатся и действительно мешать, это файлы, созданные после установки софта самим пользователем или кривым софтом. Обычно это программы или очень старые, или очень новые, или "proprietary" (помнится какая-то игра качала себе обновления в /usr  ).

Так что если пользоваться стандартными средствами установки и не ставить "левые" программы (и особенно не компилировать их самому в обход менеджера пакетов), то ничего не будет.
Я например в начале понаустанавливал каких-то программ, чего-то там менял, потом со временем стал замечать какие-то огрехи, битые ссылки в системе, и в конце концов переустановил всё заново. После этого только обновлялся года 2 пока не отформатировал себе случайно /  За это время я и альфа версии пробовал, и всякие нестабильные ветки и ничего (правда у меня gentoo)  



Да, вот я так делаю, /etc и ~  Правда мне больше для сохранения моих изменений надо, при обновлении portage сама дифф конфигов в /etc кажет, и даёт возможность смержить изменения.


Это ГУИ - всего лишь другой интерфейс к пакетному менеджеру. Если ставил через менеджер, он удалит всё что нужно (если не удалит - это баг  )


Угу   Да не сказал бы  

Это сообщение отредактировал(а) nickless - 10.1.2009, 02:38

я хочу использовать систему, а не мержить содержимое папки etc, в которой over 9000 файлов 

Добавлено через 1 минуту и 47 секунд
это я к тому, что как пользователь, я и знать не должен про существование папки etc 

Добавлено через 2 минуты и 20 секунд
это все-равно что в винде каждый пользователь редактировал-бы вручную реестр

Ты не понял, во-первых всё сразу никогда не меняется, во-вторых пользователь сам ручками изменил некоторые файлы в /etc (например /etc/ssh/sshd_config) и явно не хочет, чтобы его изменения затёрлись.
Поэтому при обновлении portage не затирает конфигурационные файлы (если они значительно изменены) и предлагает интерактивно сравнить что изменилось и стоит ли использовать старую или новую версию, или взять пару изменений из обоих.
Можно так же определять за какими директориями нужно следить или нет, например скрипты в /etc/init.d обновляются автоматически, а конфиги к ним в /etc/conf.d - нет.  ИМХО довольно удобно.

А если юзер не хочет знать о существовании /etc, пусть ставит бубунту  

Не понял о чём спор, если дебиановский (и соответственно убунтовский) менеджер пакетов точно так же мерджит конфигурационные файлы. Когда не может это сделать бесконфликтно, спрашивает пользователя.