Функция QueryPerfomanceCounter - далеко не панацея. Как сказано в MSDN, на многоядерных процессорах она может отдать счётчик любого ядра, а они не обязательно синхронны :(. Так что, имхо, лучше всё-таки использовать мультимедийный. И его можно настроить.

Для того, чтобы увеличить разрешение для мультимедийного таймера, есть функция 

Она описана так:"sets the minimum timer resolution for an application or device driver", т.е. как раз то, что надо. Но нужно помнить, что это действие является глобальным, так что после окончания работы с таймерами надо вызвать

с тем же параметром.
Минимальная точность (точнее, максимальная) равна 1 мс.
По моим замерам, после timeBeginPeriod(1) точность у таймера становится очень неплохой

  
Вроде, это тема для раздела WinAPI