Я не понимаю вашего негодования 
Какая часть системы и где у вас не работает?
Вам не кажется что вы что-то путаете?

Вот посмотрите, у меня в Win7 имеется прорва драйверов для тьмы устройств. Но видеокарта у меня одна конкретная.
Все классно, все показывается, но зачем-то разработчики написали механизм, в котором часть системы (прорва драйверов) не работает.


Я как раз суть вижу. А вот вы похоже не разбираетесь.

У нас есть задача - расчет амортизации. Мы берем и пишем приложение, которое будет именно этим заниматься.
Мы получили параметры, отдали результат. Поэтому у нас все работает.
Взаимодействие с пользователем нам абсолютно до лампочки - это не наша задача.

А вот если у нас встанет задача предоставить возможность расчета через веб, да, еще и, взаимодействуя с пользователем. То мы берем и пишем пользовательский интерфейс, который будет обращаться к задаче "расчет амортизации".
Потом, внезапно, у вас возникла задача сделать приложение запускающееся автоматически. Собственно мы берем и реализуем его, а оно уже обращается к задаче "расчет амортизации".

IZ@TOP, не зря говорил, что CLI интерфейс может быть написан единожды, для массы задач. Единственое что важно, это чтобы они все имели сходное построение точек входа (API).
Точно так же Web интерфейс может быть написан единожды, для массы задач. (и те же требования унифицированного API).

Добавлено через 3 минуты и 40 секунд
Резюмируя:

CLI-приложение
Web-приложение

Это разные вещи, выполняющиеся в разных средах, но могущие решать сходные задачи. У вас же каша, вы считаете это все одним приложением. 
TheBat и web-Gmail это почтовые клиенты, более того они могут работать с одним и тем же ящиком, но это разные задачи, и разные системы.

Скажем проще: все, что исполняется в режиме консоли, будь-то crontab задачи или вручную исполняемые скрипты - по сути сервисные приложения, для которых не так важен язык, на котором они написаны. Это может быть perl, python, shell (bash,sh,csh). Единственная связь в нашем случае, это API (набор классов, если хотите) под Web-интерфейс и для сервисных задач написанный на одном языке. И это естественно, что у нас для Web и обслуживающего задачи в кроне интерфейса будут разные раннеры - FrontController и CliController, например.
Про конфигурацию я уже объяснял. Тут важно понимание сущности приложений и того, что нельзя совместить конфигурацию консольного и Web-приложения, но можно объединить системные настройки.