В моей фирме работал на Microsoft SQL Server. Первая версия базы данных была сделана мышкой в SQL Management Studio, затем бы сгенерены скрипты которые создают получившуюся базу данных. После этого весь код был занесён в MS Source Safe. Далее код создания базы не менялся и все новые изменения писались скриптами, не удаляя старые. В базе была табличка с её версией, в которой продвигалась цифра при каждом изменении. Сделано это было для того чтобы при следующем обновлении у пользователя не потерялись данные, чтобы база изменялась а не пересоздавалась. Т. е. получается так, что если у пользователя база версии 1, а мы выпускаем 3, то у него она сначала обновлялась до 2й, затем до 3й, все данные остаются в сохранности.
Сейчас требуется разобраться с MySQL. Расскажите какие инструменты лучше использовать для создания таблиц, ключей, связей и написания SQL кода? Какую лучше использовать систему контроля версий, чтоб бесплатную? Какие методы разработки, особенные для MySQL следует изучить?

ну, ты и упаковал кучу вопросов. 
систем контроля версий много. если уже есть и использовалась Source Safe, почему не использовать? а так есть ветеран SVN и относительно молодые Mercurial и Git.

а какие "методы разработки" ты считаешь используемыми исключительно с MSSQL?

Глючный он. Subversion подойдёт?
А какую бесплатную среду разработки лучше использовать? Есть какой-нибудь общепринятый стандарт?


Ну затрудняюсь сказать для MSSQL =) Если никаких особенностей для MySQL нету, то это даже лучше.