и зачем только вот такие навороты устраивать?) 

Можно пойти ещё дальше и вообще без единого инклюда обойтись - надо лишь весь сайт на си написать и засунуть в php extension... Хотя... нафиг тут тогда вообще PHP?   


Это, конечно, дело личное, но я бы не стал использовать такой вариант: по-моему лучше самому контролировать подключаемые файлы и подключать на каждый запрос исключительно то, что нужно. Кроме того возможны (и на самом деле не так уж и редки) случаи, когда один класс (или функция) имеют больше одной реализации и выбирать нужную всё равно в этом случае придётся вручную.

А 1050 инклюдов - это свидетельство о том, что структура спланирована неправильно. Их должно быть два-три. И каждый файл сам должен цеплять необходимые ему зависимые файлы. Как-то так