Представим некоторое трехзвенное приложение WEB (jsp) + EJB3 + BD
В базе данных есть длинная табличка. Нужно организовать вывод ее в web постранично (например по 100 записей). Непосредственный доступ в базу осуществляет EJB.

Если не использовать EJB3 Persistence и использовать диалект конкретной БД - особых проблем нет. И mysql и в oracle эта задача решается. Но очень хочется сделать сделать это через Persistence. Потом в нужный момент просто поменял настройки диалекта и адаптация закончена :-)

Прошу только не пускаться в рассуждения на тему "зачем тут EJB", "нужно сделать все не так" и т.д.

имхо через чистый ejb3 - никак.