имеем 2 страницы
на 1 странице php форма, при ее субмите, должен срабатывать таймер.
Во время работы таймера должна подключаться 2 страница(вместо 2 странице может быть все что угодно,  лижбы закрыло форму 1 страницы).
После окончания отщета таймера,  должна вернуться 1 страница, но с изменеными параметрами...
Как сделать?

Как подключаться?
Что содержиться во второй страницы?
Сколько таймаут длиться?
С какими измененными параметрами?

Есть страница пхп с формой, по нажатии на которою должен начинать считать таймер, во время его отщета пользователь попадает на промежутучную страничку.... после окончания отщета пользователь возвращается на 1 страницу.

Ловишь onsubmit, открываешь новое окно window.open(), через таймаут setTimeout() закрываешь окно с помощью функции window.close()

Поиск по выделенным словам.

но при window.open() открывается 2 окно,  между 2 окнами пользователь может переключиться.. а это оч плохо

Можно его каждую секунду фокусировать - focus().
Или открой слой (<div>), размерами на весь экран и с бОльшим zIndex`ом.

Окна сюда не пойдут, потому что только в IE есть showModalDialog(). Или всё же использовать 2-ное решение - showModalDialog в IE и слой (с блокированием кликов вне его) в остальных. Дело в том, что слой в IE тоже заимеет проблему - сквозь него видны поля формы и их тогда придётся отключать (visibility). В других этой проблемы нет.

Добавлено @ 17:41 
А значительно проще, судя по задаче, скрыть всю форму (display) и показать на её месте заменитель (тоже display).