У меня в программе запускается таймер и по нему каждую милисекунду вызывается OnTimer. Когда в OnTimer происходит ошибка я хочу запросить пользователя что делать. Для этого вызываю AfxMessageBox. Но такое впечатление, что пока AfxMessageBox висит, срабатывает новый вызов OnTimer. А мне надо, чтобы программа остановилась и ждала ответа от пользователя. Как это сделать не убивая таймер?

Можно попробовать так:
Вариант1 - установить внутренний флаг: что на экране ожидание ответа пользователя и надо выйти из процедуры обработки таймера, сделав некоторые необходимые действия.
Вариант2 - в момент входа в процесс ожидания ответа пользователя остановить таймер. После ответа пользователя  включить его.

Спасибо.