$query="SELECT COUNT(q1.number) as count
             FROM questions as q1,answered as ans
              WHERE q1.to_id='$expert_id' AND q1.number NOT IN ans.number";


Судя по всему проблемным местом является q1.number NOT IN ans.number  , но не могу понять почему

Добавлено @ 21:38 
Вроде нашел должно быть q1.number NOT IN (ans.number)