есть файл, в котором прописан require_once("dir1/file.php");

в этом file.php прописан еще один require_once файла ("dir2/file2.php"), который и должен выполнять код

при включенном параметр open_basedir выдается ошибка:

Warning: main() [function.main]: open_basedir restriction in effect. File(/dir2/file2.php) is not within the allowed path(s): 

При выключенном open_basedir все отлично срабатывает.

То есть почему-то считает файл dir2/file2.php относительно корня. Если ставить ./dir2/file2.php то такой ошибки не выдается, но пишет что файл не найден, то есть тоже определяет неверный путь. 

При применении данной функции директории считаются не от корня ,
а от dir1/file.php (т.к он у тя нач. выполнятся)
а в папке dir1 никакой dir2 само собой нет ))))))