Имеется daemon который проверяет работу фтп из списка.
Имеется php скрипт который должен получить список фтп которые работают из daemon`a.
Вопрос: как это организовать?

Не предлагать сохранение результата работы daemon`a в БД/файл.

команд, позволяющих выполнять что-то из командной строки и выдавать то, что эти программы выводили в stdout(стандартный поток вывода - обычно это консоль) несколько:
exec
passthru
shell_exec
оператор "обратный апостроф"
под твои нужды, как я понял, подходит любой вариант.
пожалуй, идеально подходит exec, потому как вывод вызванной программы сразу возвращается в виде массива - по отдельной строке вывода на каждый элемент массива.

skyboy, exec запускает daemon`a, а если daemon уже работает как тогда?

взаимодействие с демоном может идти уже только за счет платформозависимых механизмов:
функции для работы с .NET и COM - под Windows
семафоры и сигналы - под Unix
встроенных модулей для работы с оконными сообщениями windows что-то не нашел :(

Да через сокет. или через общую память. делов то.

,the свои слова обратно. про сокеты забыл, каюсь :(