Бью челом!
Приложение J2EE(GWT, Hibernate..) разрабатывается в NetBeans 6.5. Сервер приложений - Glassfish (Sun Application Server 9.1_02).

При изменении класса и деплое его из NetBeans возникает ситуация, что класс не обновляется(т.е. серверная часть вызывает старые методы, что приводит к ошибкам вроде "Метод не найден").
Перед этим производится Clean&Build.
В тяжёлых случаях перезапускается Glassfish и NetBeans, но даже это не всегда помогает.
Работать начинает в произвольный момент времени после долгих обильных деплоев.

Как быть то?

Честно говоря, сколько работал с NetBeans и Glassfish, никогда не сталкивался с такой проблемой.

В таких случаях я просто руками удаляю из проектов директории build и dist.
Иногда NetBeans не может сделать Clean из за того что ОС Windows держит файл и не дает удалить. А проект при работе с встроенным  Glassfish по настоящему не разворачивается на сервере а стартует прямо из директорий проекта. На сервере размещаются при этом только некоторое количество файлов.

Удаление папок build, dist не помогает. (а вообще под OpenSuse10.3 работаем ).
У Glassfish'а может есть какое-то временное хранилище проектов, откуда он это старьё всё берёт?

в папке домена, в applications\j2ee-modules\ должна лежать закэшированная копия. возможно её переписать не удается.... 

там пусто. не помогает.
Заметил, что в /tmp лежит папка с именем вроде s1astempdomain1server3454545.
Там есть ear архив приложения. Может быть в этом есть какой-то подвох?