Написал скрипт для динамического выдлеления рекламных слов на странице. Работает по такому принципу:
1. После загрузки всей страницы, происходит анализ содержимого и выделение слов.
2. После весь innerHTML объекта document просто заменяется новым. 
При этом возникает поргание страницы и новая загрузка рисунков. Как избежать данных неприятных моментов? Спасиба.

А зачем менять содержимое всего документа? нельзя с каждым найденным словом просто делать необходимые манипуляции?

Можно, но сейчас придется переписывать очень много логики работы. Если других вариантов нет, то так и буду делать. Спасиба.

Мне кажется, что менять содержимое ВСЕГО (!) документа это ох как не хорошо. Так что не поленись и перепиши более логично.