Есть сервер Windows Server 2003 SP1, который используется в качестве роутера между двумя сетями. Настройки обоих интерфейсов он получает по DHCP. С обоих сторон он получает адреса DNS (назовем их DNS1 и DNS2). Сервер должен использоваться DNS1, т.к. сервер будет являеться членом локального домена, находящегося со стороны интерфейса, по которому получен DNS1. А по факту сервер использует DNS2. По крайней мере так говорит nslookup. При этом удалось ввести сервер в домен (хотя nslookup для имени домена не выдавал ip) и успешно пингуются окрестные компьютеры из этого домена.

Можно ли как-то заставить сервер использовать нужный мне DNS? Если нет, то может ли такая конфигурация конфликтовать с тем, что сервер находится в локальном домене? 

Зайди в свойства сетевого окружения (сетевые подключения в панели управления) и в меню дополнительно выбери пункт Дополнительные параметры. Поставь самым первым нужный тебе сетевой интерфейс.