Запустил Build для проекта в Visual Studio 2008. В логах вижу 
c1xx : fatal error C1083: Cannot open source file: '..\..\project\core\triangle.cpp': No such file or directory
и так с несколькими файлами.

Эти файлы были удалены или перенесены в другие каталоги вручную. Новые файлы добавлены.

Возможно ли средствами Visual Studio автоматически обновить файлы проекта, если файл удален - удалить из проекта, если добавлен, то добавить?

 

exvion, если вы будете это делать в IDE (там есть меню удалить\перенести перетаскиванием и т.д.), то она будет обновлять проект. Если вне IDE, то нет, нельзя ничего сделать.
можно попробывать указать каталоги типа "общие", конечно, но это не очень хорошо..