При работе с hibernate возникает следующая проблема. 
методы save(), list() работают отлично, но вот как только я перехожу на HQL получаю эксепшен 
00000022 SystemErr R org.hibernate.hql.ast.QuerySyntaxError: unexpected token: com near line 1, column 7 [ from com.logic.User where email = :email ] 
файл hibernate.cfg.xml лежит в корне, а файлы *.hbm.xml и сущности в пакете com.logic.* 
Проблему удается решить перебросив *.hbm.xml и сущности в корень проекта и соответсвенно поменять путь к файликам внутри hibernate.cfg.xml и *.hbm.xml. В корне проекта все рабоатет, как метод save, так и запросы HQL. 
Такое впечатление, что hibernate отказывается работать с пакетами, но в это как-то не верится... 
Может кто сталкивался с подобной проблемой, помогите

Попробуй в запросах не указывать пакет, а только лишь имя класса. Думаю он ищет классы относительно расположения маппинга и указанного в маппинге пакета.
Нужно доки почитать, думаю там точно написано.