Здравствуйте!

Используя обработчик события hover вызываю функцию animate.

Все работает нормально, за исключением того что если проводить мышкой много раз возле элемента - все эффекты hover продолжаются очень долго уже после того как юзер перестал трогать элемент.

Как это правильно отследить?

fMichail, перед вызовом ainmate нужно предыдущую анимацию прекращать. Наиболее универсально - вызывать перед анимацией stop stop(true,true).animate(... Описание stop  - смотри в секции анимация документации по jquery.