Вопрос заключается в следующем:

интернет магазин, в котором может регистрироваться автор и пользователь. Автор после публикации его работы, получает процент от продажи его работы на свой счет в банке, остальные деньги соответственно на счет владельца магазина. Объясните как реализовать?

Про перевод на счет в банке можете забыть =) По крайней мере факт размещения вопроса на форуме не обнадеживает на то, что у вас есть достаточно средств для организации такого серьезного дела, как автоматизированные банковские переводы.

А вот с помощью API многих платежных систем осуществить все это довольно несложно. Больше всего функциональности в данные момент, наверное, есть у WebMoney.
Впрочем есть и сервисы, выполняющие роль посредников, как, например, OplataInfo (или как-то так, точно не помню), которые через свой API позволят конечному пользователю (покупателю) оплатить счет практически любым способом.

т. е. заводит себе кошелёк webmoney и получает на него проценты?

как расцениваете трудоемкость реализации данной схемы для новичка в web-кодинге?  

Для автора все будет именно так.

Желательно было бы все же кое-какие познания иметь в этом деле. В целом не сложно.
В теории, если, как говорят, прямые руки, то можно организовать прием платежей пользуясь только мануалами и документациями...
Все сводится к созданию пары скриптов, которые будут принимать соответствующий запрос, обычно в виде xml, обрабатывать его и посылать, если нужно, другие запросы платежной системе. 
Например, вот описание запросов для перевода средств между кошельками http://wiki.webmoney.ru/projects/webmoney/...ерфейс_X2, например, с вашего кошелька на кошелек автора. 
Но нужно иметь ввиду, что раз запросы автоматизированы, то все возможности для осуществления запроса уже будут содержаться на вашем сервере (сайте). Так что надо позаботится о том, чтобы никто не смог инициировать выполнение запроса без соответствующий на то полномочий.

разбираться начал, проблемы только в непосредственно технике реализации. 

появился вопрос о работоспособности 1с битрикс с web money. Если приобрести готовый сайт на битрикс и все реализовать? Либо посоветуете другое для новичка в вебе?

Новичку в вебе надо учить HTML. Как освоите, так можете начинать осваивать программирование "вобщем". Потом надо поверхностно ознакомиться с серверным и сетевым программированием.

После этого у вас появится возможность внятно формулировать вопросы к разработчикам CMS-ок и создателям API платёжных систем.

А на самом деле, ваш вопрос по трудоёмкости решения составляет доли процента от всего объёма работ, связанных с созданием подобного сайта.