Для поддержки pcntl все сделал как сказано на:

http://www.dkfz.de/spec/linux/php_fork/

для php. Php версия 5.1.4.

pcntl работает, но теперь не могу запустить ни один пхп скрипт при помощи команд запуска внешних приложений (system, exec и т. д.)

Что бы я ни запускал, к примеру:
system ('./my_script.php');
system ('php my_script.php');
system ('php '.$full_path.'/my_sqript.php');
и даже 
system ('php -v');

Получаю:
Status: 404
X-Powered-By: PHP/5.1.4
Content-type: text/html

No input file specified.

Раньше когда пхп был модулем апача никаких таких проблем не было. Из баша все отлично запускается, подобная фигня получается только если запускаю скрипт через браузер. Что это может быть такое?