Изложу еще несколько соображений по этому поводу.
В принципе все это можно ввести опционально. Предложить либо топикастеру, либо авторам постов установить флажок, разрешающий комментарии, кроме того в самих комментариях запретить разметку, подсветку и все такое, чтобы туда не перемещалось основное обсуждение, ну и ограничить количество символов в комментариях. Таким образом тема будет очищена от ненужного зафлуживания, а те, кто хочет смогут обсудить сопутствующие вопросы, не относящиеся к сабжу напрямую. В результате и волки будут сыты и овцы целы.

Есть еще один вариант.  Можно реализовать несколько разных типов топиков с разным функционалом. У нас уже есть нечто подобное, например статьи выглядят не так, как обычные топики, но можно развить идею. Помимо выбора между линейной и древовидной структурой можно реализовать еще и другие типы. Например: у нас во многих разделах есть темы, созданные исключительно для того, чтобы собирать ссылки, но зачастую в этих темах не только ссылки, но и обсуждение. Темы зафлуживаются и читать их становится проблематично. Так вот можно реализовать такой тип тем, в которых можно будет помимо сообщения добавлять описание ресурса(или того, что там собирают), которое автоматически будет появляться в первом посте в виде ссылки(описани можно скрыть) и таким образом список будет формироваться отдельно и его будет удобно читать. По-моему полезная штука.

А не запутается ли юзера и может не будет знать тогда какое обсуждение линейное или нет ему стартовать?



В остальном насчет разнообразных тем ты попал прямо в точку. Это будет обязательно в новном движке и уже даже реализовано 

Ну это просто как вариант, мне больше нравится идея с комментариями.

Все-равно не пойму, чем цитаты не угодили? Хочешь ответить - цитируй и отвечай. Зачем эти сдвиги вправо при каждом ответе?

Они очень удобны и по результатам обсуждения в этой теме, я пришел к выводу, что их надо оставить основными + будут еще доп. опции некоторые.

по поводу древовидности. Если планируется ввести что-то либо подобное на это то я конечно против, ибо вообще ничего не понятно, кто в какой последовательности пишет и кто на что отвечает.

можно сделать так, чтобы можно было бы выбрать как показывать...