есть объект, отвечающий за сетевое соединение через TcpClient (client).

все его методы синхронизированы через lock для того, чтоб вызывать их можно было только последовательно
т.к. сервер работает в режиме запрос-ответ.

на удаленной машине при запуске приложения происходит запуск отдельного потока
который постоянно обращается к серверу и запрвшивает у него данные.

запуск потока всегда происходит удачно, но как только я хочу остановить поток

то иногда происходит висяк, а сервер говорит, что произошел обрыв соединения.

Дело в том, что thread.Abort() может быть вызван в тот момент, когда читается или вишется в сокет.
Для это я вызываю Flush(). Но иногда до него даже не доходит, а иногда виснет на нем.

В чем может быть косяк ?  

Это из-за Join'а, наверно. В обработчике ThreadAbortException нужно выставлять какой-нибудь флаг, по которому метод StopThread может определить, что когда уже можно прибить поток окончательно Join-ом, а когда ещё нельзя (т.к. выполняется client.Flush). 

но тогда придется крутиться и ждать этот флаг - что не очень хорошо 

Добавлено @ 08:02 
и еще - почему это происходит из-за Join - ведь он просто ждет завершегия потока 

Честно говоря, просто навскидку сказал , сам не пробовал. Наверно сбило с толку слово terminate в описании метода